Po wybuchu II wojny światowej ks. Ignacy Niedźwiedziński znalazł się na liście osób uznanych przez okupanta za niebezpieczne dla III Rzeszy. Pomimo grożącego mu niebezpieczeństwa pozostał z parafianami. Angażował się w tajne nauczanie i przygotowywał dzieci do pierwszej komunii św. W październiku 1941 r. został osadzony w Forcie VII, skąd próbowała go uwolnić rodzina właścicieli majątku Jarocin- von Radolin. W grudniu 1941 r. wraz z 36 najbardziej schorowanymi kapłanami został przetransportowany do obozu dla sióstr zakonnych w Bojanowie (Nonnenlager Schmuckert), gdzie w dniu 31 grudnia 1941 r. o godz. 13.00,  zmarł w szpitalu obozowym. Po zakończeniu wojny ekshumowano jego zwłoki i pochowano w Jarocinie 4 listopada 1945 r.