Urodził się 15 września 1882 r. w Łęgu koło Śremu Od 1912 r. pełnił funkcję kustosza zbiorów Czartoryskich w Gołuchowie. W 1919 r. został konserwatorem zabytków województwa poznańskiego, a w 1922 także województwa pomorskiego. Był członkiem Związku Polskich Historyków Sztuki, Towarzystwa Przyjaciół Sztuk Pięknych w Poznaniu, Związku Muzeów w Polsce. W 1929 r. współorganizował Powszechną Wystawę Krajową. W 1933 r. został dyrektorem Muzeum Wielkopolskiego w Poznaniu. Napisał wiele prac naukowych o zabytkach architektury.

1 listopada 1939 r. Nikodem Pajzderski został aresztowany przez Niemców i uwięziony w Forcie VII. Na początku 1940 r., pod pozorem przygotowań do wypuszczenia na wolność, trafił do osobnej celi wraz z kilkunastoma znanymi poznańskimi intelektualistami. 6 stycznia 1940 r. grupa uzbrojonych SS-manów wszystkich jednak zamordowała. Razem z Nikodemem Pajzderskim zginęli m.in. profesor UP Romuald Paczkowski, profesor UP Stanisław Pawłowski, inż. arch. Stefan Cybichowski, artysta-malarz Leon Prauzinski, ksiądz kanonik Kazimierz Szrejbrowski, kryminolog dr Tadeusz Kuczma.