Urodził się 13 listopada 1920 r. w Berlinie. W 1921 r. rodzice przyjechali do Poznania. Ojciec pracował w Elektrowni Miejskiej, matka zajmowała się domem i wychowaniem Franciszka, jego trzech braci i siostry.

Chętnie występował w oratoryjnych przedstawieniach. Nie krył, że chciał zostać salezjaninem, jednak choroba przeszkodziła mu we wstąpieniu do Niższego Seminarium w Lądzie.

Podczas kampanii wrześniowej podjął nieudaną próbę zaciągnięcia się do polskiej armii. Po powrocie do Poznania, dzięki pośrednictwu Czesława Jóźwiaka, otrzymał pracę w zakładzie malarskim. Od momentu zamknięcia oratorium aż do aresztowania, wraz z pozostałymi przyjaciółmi śpiewał w chórze Stefana Stuligrosza.

Był torturowany podczas przesłuchań.

Bł. Franciszek Kęsy został zgilotynowany 24 sierpnia 1942 r. w więzieniu w Dreźnie.