Urodził się 2 sierpnia 1881 w Poznaniu. Studiował architekturę na politechnice w Charlottenburgu. Następnie pracował jako docent w Akademii Przemysłowej w Berlinie (w latach 1907-1909). Od 1910 r. pracował w Poznaniu. Był wykładowcą budownictwa wiejskiego na Wydziale Rolniczo-Leśnym Uniwersytetu Poznańskiego (w latach 1920-1926) oraz członkiem Rady Miejskiej w Poznaniu (w latach 1919-1925). Zaprojektował bardzo wiele znanych budowli w tym ok. 100 obiektów sakralnych na terenie Wielkopolski i Pomorza. W uznaniu jego zasług otrzymał tytuł honorowego szambelana papieskiego.

Cybichowski został aresztowany w ramach Intelligenzaktion Posen przez Gestapo 28 października 1939 wraz z grupą profesorów i osadzony w Forcie VII. Tam 6 stycznia, został zastrzelony w celi przez pijanych gestapowców wraz z innymi osadzonymi - przyczynę jego śmierci próbowano zatuszować podając informację o zastrzeleniu przy próbie ucieczki.

Poniżej lista wybranych obiektów, które zaprojektował Stefan Cybichowski:

• Bank Włościański w Poznaniu (współautor Czesław Leitgeber);
• klasztor Dominikanów, ul. Libelta, Poznań;
• kościół św. Małgorzaty w Cielczy;
• szkoła ss. Urszulanek, Al. Niepodległości 43, Poznań;
• budynek administracyjny (Pawilon 101) i Pałac Targowy (Pawilon 12) na Międzynarodowych Targach Poznańskich;
• Palmiarnia Poznańska w Parku Wilsona (niezachowana);
• Kaplica Matki Boskiej Częstochowskiej w Chełmży;
• klasztor ss. Karmelitanek Bosych (obecnie Szpital Ginekologiczno-Położniczy Świętej Rodziny), ul. Jarochowskiego, Poznań;
• Zespół Szkół Handlowych, ul. Śniadeckich 54, Poznań (współautor Jan Cieśliński);
• niższe seminarium duchowne i klasztor Redemptorystów w Toruniu;
• kościół św. Doroty w Strzałkowie;
• kościół Matki Boskiej Nieustającej Pomocy w Bydgoszczy;
• kościół Najświętszej Marii Panny Królowej Polski w Brzozie;
• kościół św. Stanisława Kostki w Poznaniu;
• kościół Najświętszej Maryi Panny Nieustającej Pomocy w Zdziechowie koło Gniezna.