Stefan Chojnacki urodził się w Poznaniu, a jego rodzicami byli Ludwik Chojnacki, robotnik oraz Anna z domu Śmierzchalska. W rodzinnym mieście uczęszczał do gimnazjum Karola Marcinkowskiego, a od 1933 do gimnazjum w Inowrocławiu, w którym otrzymał świadectwo maturalne. Następnie studiował na Wydziale Prawno-Ekonomicznego Uniwersytetu Poznańskiego.

Podczas studiów był członkiem Związku Akademickiego Młodzież Wszechpolska, związanego ideowo z endecją oraz Bratnią Pomocą. W 1932 r. był redaktorem „Gazety Wągrowieckiej”. W latach 1935-1936 wydawał miesięcznik „Orlęta”, będący nieoficjalnym organem tajnej endeckiej organizacji młodzieżowej. Istniała na terenie szkół średnich, widniejąca pod nazwą Narodowa Organizacja Gimnazjalna. W latach 1935-1939 zajmował szereg odpowiedzialnych funkcji we władzach Stronnictwa Narodowego. Należał m.in. do organizatorów Straży Porządkowej - paramilitarnej organizacji Stronnictwa Narodowego w województwie poznańskim.

Jesienią 1939 r. znalazł się w grupie działaczy endeckich, którzy powołali w Poznaniu konspiracyjny Zarząd Okręgowy SN. Będąc członkiem Zarządu, posługiwał się pseudonimem "Grom". Jego zadaniem było organizowanie w dawnym województwie poznańskim konspiracyjnych placówek SN. Był również kierownikiem dzielnicy Śródmieście. Współredagował konspiracyjne pismo "Wiadomości Radiowe". W kwietniu 1940 r. objął funkcję Komendanta Miasta.

Wraz z innymi działaczami Zarządu Okręgowego SN został aresztowany przez gestapo. 17–18 grudnia 1941 r. w Poznaniu odbyła się specjalna rozprawa - został wtedy skazany na karę śmierci, wraz z ośmioma towarzyszami.

Zginął 20 marca 1942 r. na terenie więzienia Plötzenzee k. Berlina. Jego symboliczny grób znajduje się na Cmentarzu Jeżyckim w Poznaniu.