Stefan Chojnacki urodził się w Poznaniu, a jego rodzicami byli Ludwik Chojnacki, robotnik oraz Anna z domu Śmierzchalska. W rodzinnym mieście uczęszczał do gimnazjum Karola Marcinkowskiego, a od 1933 do gimnazjum w Inowrocławiu, w którym otrzymał świadectwo maturalne. Następnie studiował Wydziału Prawno-Ekonomicznego Uniwersytetu Poznańskiego.

Podczas studiów był członkiem Związku Akademickiego Młodzież Wszechpolska, związanego ideowo z endecją oraz Bratniej Pomocy. W 1932 był redaktorem „Gazety Węgrowieckiej”. Od 1935 do 1936 wydawał miesięcznik „Orlęta”, będący nieoficjalnym organem tajnej endeckiej organizacji młodzieżowej, która istniała na terenie szkół średnich nazywając się Narodową Organizacją Gimnazjalną. W okresie 1935 – 1939 zajmował we władzach Stronnictwa Narodowego, 1939 szereg odpowiedzialnych funkcji, należąc między innymi do organizatorów Straży Porządkowej, która była paramilitarną organizacją Stronnictwa Narodowego w województwie poznańskim.

Jesienią 1939 znalazł się w grupie działaczy endeckich, którzy powołali w Poznaniu konspiracyjny Zarząd Okręgowy SN. Będąc członkiem Zarządu, posługiwał się pseudonimem „Grom”. Jego zadaniem było organizowanie w dawnym woj. poznańskim konspiracyjnych placówek SN. Był również kierownikiem dzielnicy Śródmieście. Współredagował konspiracyjne pismo "Wiadomości Radiowe". W kwietniu 1940 objął funkcję Komendanta Miasta. Wraz z innymi działaczami Zarządu Okręgowego Stronnictwa Narodowego został aresztowany przez gestapo, a 17–18 grudnia 1941 w Poznaniu odbyła się specjalna rozprawa podczas której wraz z 8 towarzyszami został skazany na karę śmierci. Zginął 20 marca 1942 na terenie więzienia Plötzenzee k.Berlina. Jego symboliczny grób znajduje się na cmentarzu Jeżyckim w Poznaniu.